第一章：玲珑书院。这一章主要介绍了主角的身世和背景，以及他与师兄的约定。主角在玲珑书院学习了探案的技巧，与同学们建立了友谊，还遇到了一位神秘的女子，引发了他的好奇心。这一章的案件都比较简单，主要是为了让玩家熟悉游戏的玩法和角色。

第二章：京都风云。这一章主要讲述了主角来到京都后，加入了内舍阁，成为了一名负责调查重案要案的官员。主角在这里遇到了各种各样的人物，有的是他的同事，有的是他的对手，有的是他的知己，有的是他的爱慕者。这一章的案件都比较复杂，需要抽丝剥茧理出真相。

第三章：昆曲之谜。这一章主要讲述了主角在调查一起与昆曲有关的案件时，发现了一个惊天的秘密，牵扯到了他的身世和命运。主角在这里遇到了一位与他有着不解之缘的女子，以及一位与他有着深仇大恨的男子。这一章的案件都比较神秘，涉及到了古代的传说和秘术，需要玩家揭开层层迷雾，找出真相。